菲律宾独立后，随着经济的恢复和发展，教育事业也得到快速发展，形成了比较完善的公立和私立教育体系，1983年高等教育普及率居世界第九位。截止2007年12月31日，菲律宾共有高校1710所，其中公立高校（包括州立大学和学院、地方大学和学院、其他政府学校）196所，私立高校1514所，高校学生总规模240.8万人。菲律宾高等教育质量保障体系由菲律宾高等教育委员会（CHED）、菲律宾认证机构联盟（FAAP）、菲律宾质量保障机构国家网络组织（NNQAA）、认证机构和专业监管委员会（PRC）组成。
1.菲律宾高等教育委员会（Commission on Higher Education）
菲律宾高等教育委员会负责菲律宾所有公、私立高等教育机构以及高等教育机构学位项目的监管，负责开发制订政策，提升国家高等教育的质量。委员会成立于1994年5月，1994年菲律宾第7722号国家法案规定，菲律宾高等教育委员会行使对本国所有学院和大学的监管权。依照该法案，委员会具有以下使命：（1）促进优质教育的发展；（2）采取适当措施确保所有人都能接受教育；（3）保护和确保学术自由。
2.菲律宾认证机构联合会(Federation of Accrediting Agencies of the Philippines)
1977年，菲律宾认证机构联合会成立。联合会主要关注的是认证，其认证的基本标准由高等教育委员会确定，联合会的成立进一步推动了认证在菲律宾的发展。随着联合会法律地位的进一步确立，1979年，联合会得到教育、文化和体育部正式认可，与政府共同负责对教育机构和课程项目进行认证，制订和实施认证的政策、方案、标准及程序等。1984年教育、文化和体育部还任命联合会为官方实施认证的认可机构，这为联合会指导其下属认证机构开展认证工作提供了法律依据。1994年高等教育委员会成立后，政府开始积极参与认证工作。
3.质量保障机构国家网络组织
质量保障机构国家网络组织成立于2004年，负责对菲律宾公立高等教育机构进行认证，以确保公立高等教育机构的质量。网络组织由高等教育委员会认可，保证了其对公立教育机构认证的权威性。
4.认证机构
菲律宾认证机构主要负责制订项目认证标准，认证机构对照标准对高等教育机构进行评估，以提供认证结果或帮助高等教育机构改善和提高质量。菲律宾负责私立教育的认证机构主要有菲律宾学校、学院和大学认证协会(PAASCU)、菲律宾学院和大学协会-认证委员会(PACU-COA)、菲律宾基督教院校联合会评鉴委员会(ACSCU-AAI)。负责对公立教育进行认证的机构主要有的菲律宾特许院校认证机构(AACCUP)、菲律宾地方院校认证协会(ALCUCOA)。
5.专业监管委员会
专业监管委员会是菲律宾为确保建立专业人员持续发展体系而建立的组织机构，其宗旨是制订、颁布和实施专业发展标准，确保专业发展质量。专业监管委员会根据专业发展要求，对颁发给个体的职业证书进行监管。监管的目的是为了在有职业发展规划和培训的个体和机构中贯彻专业发展标准。
